Art. 1. W ustawie z dnia 24 sierpnia 2006 r. o podatku tonażowym (Dz. U. nr 183, poz. 1353 oraz z 2008 r. nr 209, poz. 1316) wprowadza się następujące zmiany:

(zmiany pominięto przez redakcję)

Art. 2. W ustawie z dnia 31 stycznia 1989 r. o gospodarce finansowej przedsiębiorstw państwowych (Dz. U. z 1992 r. nr 6, poz. 27, z późn. zm.) w art. 12 ust. 2a otrzymuje brzmienie:

"2a. Z wpłat, o których mowa w ust. 1, zwolniony jest także w okresie opodatkowania podatkiem tonażowym przedsiębiorca żeglugowy w zakresie przychodów z działalności opodatkowanej podatkiem tonażowym.".

Art. 3. W ustawie z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2012 r. poz. 361, z późn. zm.) wprowadza się następujące zmiany:

1) w art. 2 w ust. 1 pkt 6 otrzymuje brzmienie:

"6) przychodów (dochodów) przedsiębiorcy żeglugowego opodatkowanych na zasadach wynikających z ustawy z dnia 24 sierpnia 2006 r. o podatku tonażowym (Dz. U. nr 183, poz. 1353, z 2008 r. nr 209, poz. 1316 oraz z 2012 r. poz. 1540), z zastrzeżeniem art. 24a ust. 1a;";

2) w art. 24a ust. 1a otrzymuje brzmienie:

"1a. Podatnicy będący przedsiębiorcami żeglugowymi w rozumieniu ustawy z dnia 24 sierpnia 2006 r. o podatku tonażowym, prowadzący działalność opodatkowaną podatkiem tonażowym oraz inną działalność opodatkowaną podatkiem dochodowym są obowiązani w prowadzonej księdze albo w prowadzonych księgach rachunkowych, o których mowa w ust. 1, wyodrębnić przychody i związane z nimi koszty na poszczególne rodzaje działalności podlegającej opodatkowaniu podatkiem tonażowym i podatkiem dochodowym.";

3) w art. 26 ust. 13a otrzymuje brzmienie:

"13a. Wydatki na cele określone w ust. 1 podlegają odliczeniu od dochodu, jeżeli nie zostały zaliczone do kosztów uzyskania przychodów lub nie zostały odliczone od przychodu na podstawie ustawy o zryczałtowanym podatku dochodowym albo nie zostały zwrócone podatnikowi w jakiejkolwiek formie.";

4) w art. 30c w ust. 3 pkt 3 otrzymuje brzmienie:

"3) odliczone od przychodów na podstawie ustawy o zryczałtowanym podatku dochodowym, lub".

Art. 4. W ustawie z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2011 r. nr 74, poz. 397, z późn. zm.) wprowadza się następujące zmiany:

1) w art. 2 w ust. 1 pkt 4 otrzymuje brzmienie:

"4) przychodów (dochodów) przedsiębiorcy żeglugowego opodatkowanych na zasadach wynikających z ustawy z dnia 24 sierpnia 2006 r. o podatku tonażowym (Dz. U. nr 183, poz. 1353, z 2008 r. nr 209, poz. 1316 oraz z 2012 r. poz. 1540), z zastrzeżeniem art. 9 ust. 1a.";

2) w art. 9 ust. 1a otrzymuje brzmienie:

"1a. Podatnicy będący przedsiębiorcami żeglugowymi w rozumieniu ustawy z dnia 24 sierpnia 2006 r. o podatku tonażowym, prowadzący działalność opodatkowaną podatkiem tonażowym oraz inną działalność opodatkowaną podatkiem dochodowym są obowiązani w ewidencji, o której mowa w ust. 1, wyodrębnić przychody i związane z nimi koszty na poszczególne rodzaje działalności podlegającej opodatkowaniu podatkiem tonażowym i podatkiem dochodowym.".

Art. 5. W ustawie z dnia 1 grudnia 1995 r. o wpłatach z zysku przez jednoosobowe spółki Skarbu Państwa (Dz. U. nr 154, poz. 792, z 2006 r. nr 183, poz. 1353 oraz z 2012 r. poz. 596) w art. 5 ust. 1a otrzymuje brzmienie:

"1a. Z wpłat, o których mowa w art. 4, zwolniony jest także w okresie opodatkowania podatkiem tonażowym przedsiębiorca żeglugowy w zakresie przychodów z działalności opodatkowanej podatkiem tonażowym.".

Art. 6. W ustawie z dnia 20 listopada 1998 r. o zryczałtowanym podatku dochodowym od niektórych przychodów osiąganych przez osoby fizyczne (Dz. U. nr 144, poz. 930, z późn. zm.) w art. 15 ust. 1a otrzymuje brzmienie:

"1a. Podatnicy będący przedsiębiorcami żeglugowymi w rozumieniu ustawy z dnia 24 sierpnia 2006 r. o podatku tonażowym (Dz. U. nr 183, poz. 1353, z 2008 r. nr 209, poz. 1316 oraz z 2012 r. poz. 1540), prowadzący działalność opodatkowaną podatkiem tonażowym oraz inną działalność opodatkowaną ryczałtem od przychodów ewidencjonowanych są obowiązani w ewidencji wyodrębnić przychody podlegające opodatkowaniu podatkiem tonażowym i ryczałtem od przychodów ewidencjonowanych.".

Art. 7. 1. Armator opodatkowany podatkiem tonażowym w dniu wejścia w życie ustawy podlega opodatkowaniu tym podatkiem na dotychczasowych zasadach do dnia 31 grudnia 2013 r.

2. Armator, o którym mowa w ust. 1, staje się podatnikiem podatku tonażowego na zasadach określonych w ustawie, o której mowa w art. 1, w brzmieniu nadanym niniejszą ustawą, jeżeli do dnia 31 grudnia 2013 r., złoży właściwemu naczelnikowi urzędu skarbowego oświadczenie o wyborze opodatkowania podatkiem tonażowym, według wzoru ustalonego w przepisach wydanych na podstawie art. 13 ustawy, o której mowa w art. 1.

3. Armator opodatkowany podatkiem tonażowym w dniu wejścia w życie ustawy, może wybrać opodatkowanie podatkiem tonażowym na zasadach określonych w ustawie, o której mowa w art. 1, w brzmieniu nadanym niniejszą ustawą, od dnia 1 stycznia 2013 r., jeżeli do dnia 20 stycznia 2013 r. złoży właściwemu naczelnikowi urzędu skarbowego oświadczenie o wyborze opodatkowania, o którym mowa w ust. 2.

4. W przypadku armatora, o którym mowa w ust. 1-3, dotychczasowy okres opodatkowania podatkiem tonażowym podlega zaliczeniu do 10-letniego okresu opodatkowania określonego w ustawie, o której mowa w art. 1, w brzmieniu nadanym niniejszą ustawą.

5. Armator, który złoży oświadczenie o wyborze opodatkowania podatkiem tonażowym przed dniem 1 stycznia 2013 r., a przed tym dniem nie rozpocznie się okres opodatkowania podatkiem tonażowym, podlega opodatkowaniu na zasadach określonych w ustawie, o której mowa w art. 1, w brzmieniu nadanym niniejszą ustawą, chyba że do dnia 20 stycznia 2013 r. zrezygnuje z opodatkowania podatkiem tonażowym poprzez złożenie stosownego oświadczenia właściwemu naczelnikowi urzędu skarbowego.

Art. 8. Dotychczasowe przepisy wykonawcze wydane na podstawie art. 7 ust. 3 ustawy, o której mowa w art. 1, zachowują moc do dnia wejścia w życie przepisów wykonawczych wydanych na podstawie art. 7 ust. 3 ustawy, o której mowa w art. 1, w brzmieniu nadanym niniejszą ustawą, nie dłużej jednak, niż przez okres 6 miesięcy od dnia wejścia w życie niniejszej ustawy.

Art. 9. Ustawa wchodzi w życie z dniem 1 stycznia 2013 r.